Calkins fue conocido principalmente como un estudioso de la vida de los protozoos, produciendo varios libros de texto extremadamente influyentes sobre el tema que sirvieron no solo como ayudas didácticas sino también como importantes declaraciones sintéticas en la ciencia. Sus puntos de vista maduraron en el muy citado The Biology of the Protozoa (1926). Su interés en todo el campo de la biología y la medicina experimental también resultó en un libro de texto general de biología en 1914.
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