Quantifizierung und Visualisierung von Peptiden in LC-MS Daten

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Dieses Buch behandelt die quantitative Auswertung und Visualisierung massenspektrometrischer Messdaten. Fur die Visualisierung dieser Daten wurden mehrere Darstellungsvarianten entwickelt, darunter befindet sich die Moglichkeit zur zweidimensionalen und dreidimensionalen Darstellung. Bei der Verarbeitung der Signale in den Messdaten wurden verschiedene Methoden entwickelt, welche im Zusammenspiel einen Datensatz verarbeiten konnen. Von der Kandidatensuche uber die Peakerkennung bis hin zur Quantifizierung der Peptide wurden geeignete Verfahren erarbeitet und implementiert. Zur Peptiderkennung wurde ein mathematisches Isotopenmodell entwickelt, um diese eindeutig klassifizieren zu konnen. Dadurch kann die Masse und der Ladungszustand von Peptiden, selbst bei geringen Intensitaten auf Rauschniveau, noch sicher erkannt werden. Des Weiteren wurde ein Verfahren zur Kompensation des Totzeiteffektes des Detektors ermittelt, wodurch bereits verlorene Informationen uber die Signalintensitat zuruckgewonnen werden konnen. Dadurch ergibt sich eine exakte Quantifizierung und die Moglichkeit der Depletion von bereits gefundenen Peptidsignalen."